現在検討しているのが比較的安価に済むIDEでのRAID-1です。以前雑誌でIDE-RAIDカードはSCSIボードとして認識されると書いてあった記憶があるのですが、この場合異種のSCSIボードの共存として不都合はあるのでしょうか？

構成は下記の2案を考えております。
1、ASUS P3C-LS（LAN＆Ultra160オンボード）とPromiseのFastTrak66
2、Gigabyte GA-BX2000+とAHA-2940UとPromiseのFastTrak66
接続予定のSCSI機器はスキャナ（SCSI2）とHDD1台（UltraSCSI）とZIP（SCSI2）です。

接続機器が大した事ないので案1はもったいないような気がするのですがいかがなものでしょうか？

IRQが枯渇していなければ、SCSIカードとUltraATA/66カードの共存は可能です。また、IRQの共有状況によって問題が発生するかもしれません

大切なデータが保存されるのであれば、ちゃんとデータをバックアップするための装置を付けるのが安心だと思います。RAIDだから安全ということはありませんのでご注意を。UltraATA/66カードが壊れたときにはどうするのでしょう？同じ物が買えれば良いですが、同じ製品を購入できない場合には、データが復旧できない可能性があるのをお忘れなく。